桃米溪流兩岸及天然濕地保存很多台灣原生的水生及濱溪植物,溪流源頭山區及丘陵地仍有部分天然森林,植物種類繁多並具有特色。

桃實百日靑、蓮華池柃木、呂氏菝葜、台灣玉葉金花、台灣紅豆樹等都是在其他地方不容易發現的珍貴且特有種植物。迷人而神秘的蕨類約有60種,例如筆筒樹、鬼桫欏、台灣桫欏等。圓葉節節菜、石菖蒲、黃花水龍、野慈姑、白花紫蘇草、台灣萍蓬草等都是常見的美麗水生植物。

桃實百日青Podocarpus nakaii Hayata)

羅漢松科的常綠中喬木,特產於中部日月潭、埔里、魚池一帶海拔500~800公尺的闊葉林中,屬於狹隘分布的特有及稀有植物。

樹形優美嫩葉呈紅色,雌雄異株,種子呈歪斜的桃形,下部具有肥大肉質的種托,綠色的種子和紅色的種托有如「八」字,因此桃米人俗稱它為「八字青」。

生長緩慢質地堅硬的桃實百日青是上好建材,根系著地甚深,不畏風雨,是水土保持的優良樹種。921地震後社區居民選它作為「里樹」,更大量培育種植,希望這深具地域特色的植物,能在桃米自在生長。

蓮華池柃木Eurya rengechiensis Yamamoto)

台灣特有種,常綠小喬木,全株光滑。葉為單葉,互生,革質,橢圓形或倒披針形。幼葉常呈紫紅色,葉端長尾狀,尾長約1公分,是它在野外的辨識特徵。依據1994年出版的台灣植物誌第一冊之記載,在南投縣魚池鄉蓮華池及竹山鎮清水溝有採集紀錄。主要分布於魚池鄉蓮華池附近,數量相當稀少。

蓮華池桑寄生Taxillus tsaii Chiu)

寄生性灌木,特有種,僅生長在台灣中南部低海拔地區。寄生於苦茶、香楠、香葉樹、烏皮九芎、梅樹、銹葉灰木等樹上。依據1996年出版的台灣植物誌第二冊的記載,在南投縣蓮華池、高雄縣大關山及台東縣有採集紀錄。紅色的花冠筒及圓柱形漿果是它的辨識特色。它的葉是紅肩粉蝶及紅紋粉蝶的重要食草。

呂氏菝契Smilax luei T. Koyama)

台灣產菝契科植物中呂氏菝契是唯一葉為盾狀著生者,也是分布地點狹隘而且最晚才被發現的植物,特產於魚池鄉五城村蓮華池附近海拔650公尺地區。

屬攀緣性藤本,莖長可達4公尺,枝條圓形或有稜角,無刺。單葉互生,葉披針形或披針狀卵形,革質,葉基圓形至淺凹形,於近基端盾狀著生,上表面綠色,背面灰綠色,主脈有5條,在葉兩面均明顯突起。單性花,雌雄異株。漿果球形,成熟時紫黑色。族群數量仍然不多,值得進一步關懷及保護。

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